Küçük çocuklarda, hormonal bir anormallik durumunda, tedavi enjeksiyonlardan oluşabilir. Testosteron, dozajı ve düzenliliği endokrinolog tarafından belirlenir. İyi takip edilen bu tedavi penisin boyutunu artırır. Mikropenis, penisin testosterona duyarsız dokularından kaynaklandığında, bu hormonal tedavinin hiçbir etkisi yoktur.

Mikropenis ne kadar erken tespit edilirse, tedavi ne kadar hızlı yapılırsa o kadar etkili olur. Ergenlik döneminde de tedavi gerekli olabilir. Ergenlikten sonra, dokular artık aynı şekilde tepki vermediği için hormon tedavisi artık etkili değildir.

Mikropenisin cerrahi tedavisi     

Yetişkinlikte, mikropenis tedavi edilmediğinde veya tedavi yeterince etkili olmadığında, cerrahi mümkün. Ancak, her zaman ikna edici sonuçlar sunmaz.

Ligament bölümü askıya penisten pubise giden penis önerilebilir. Penisi hiçbir şekilde değiştirmez ancak kısmen pubisten ayırarak daha uzun görünmesini sağlar. Gözlenen kazanç sarkık durumda 1 ila 2 cm ve ereksiyonda 1,7 cm'dir. Bu uzama, sabit olmayan ereksiyon halindeki bir penis pahasına elde edilir, çünkü penis pubise daha az tutunur, bu da penetrasyonu daha az kolaylaştırır.

L'otolog yağ enjeksiyonu deneğin yağının penisinin derisinin altına enjekte edilmesini içerir. Bu, penisi hiçbir şekilde uzatmaz, ancak görsel olarak daha kalın hale getirir. Yerleştirilen yağın sadece bir kısmı zamanla vücut tarafından emilmez (konuya göre %10 ila %50). Rezorpsiyon düzensiz olabilir ve "tespih" penis görünümüne yol açabilir.

Mikropenisin özellikle ergenlik döneminde önemli psikolojik yansımaları olabilir, kişiye yardım edilmesi ve şüphelerinin dikkate alınması önemlidir.